Nadleženosti Zavoda određene su slijedećim aktima:
- Zakonom o federalnim ministarstvima i drugim tijelima federalne uprave ("Službene novine Federacije BiH", br. 58/02, 19/03, 38/05, 2/06, 8/06, 61/06).
- Zakon o geološkim istraživanjima Federacije Bosne i Hercegovine („Sužbene novine Federacije BiH“, br. 9/2010).
- Pravilnik o načinu vođenja evidencije i izrade Katastra ležišta mineralnih sirovina, geoloških pojava i odobrenih istražnih prostora („Službene novine Federacije BiH“, br. 54/11).
- Uredba o sadržaju i nositeljima jedinstvenog informacijskog sistema, metodologiji prikupljanja i obradi podataka, te jedinstvenim obracsima na kojima se vode evidencije („Službene novine Federacije BiH“, broj 33/07).
- Zakon o istraživanju i eksploataciji nafte i plina u Federaciji Bosne i Hercegovine („Službene novine Federacije BiH“ broj. 77/13).
Iz navedenih akata proizilaze slijedeće nadležnosti Zavoda:
1. Vrši istraživačke, stručno-analitičke i druge poslove iz oblasti fundamentalnih i regionalnih geoloških istraživanja od interesa za Federaciju koji se odnose na izradu osnovnih geoloških, hidrogeoloških, inženjersko-geoloških, seizmotektonskih i drugih geoloških karata i vrši pripremu za njihovo štampanje; vrši naučno utvrđivanje zakonomjernosti koncentracije i razmještaja prirodnih mineralnih resursa u zemljinoj kori; priprema geološke podloge za prostorno planiranje, podloge za izvođenje građevinskih, rudarskih i drugih aktivnosti, podloge za razvoj šumarstva, poljoprivrede, vodosnabdijevanja, te razvoj urbanizacije i infrastrukturnih objekata; vrši izradu federalnog programa upravljanja mineralnim sirovinama; uspostavlja kontakte sa međunarodnim geološkim institucijama kroz razmjenu egzaktnih podataka o geološkom sklopu i strukturi zemljine kore, priprema i organizira zajedničke istraživačke projekte, priprema podatke za međunarodni geološki informacioni sistem; utvrđuje i predlaže Vladi Federacije strateške mineralne sirovine sa prijedlogom mjera za njihovo korištenje i predlaže politku geoloških istraživanja na prostoru Federacije; vrši izradu metodskih uputstava, standarda i normativa u oblasti geoloških istraživanja; formira i vodi fond stručne dokumentacije o geološkim istraživanjima na području Federacije; kreira i razvija jedinstven geološki informacioni sistem i pruža informacije i podatke u okviru općeg geoinformacionog sistema korisnicima rezultata geoloških istraživanja.”
2. Vrši vođenje slijedećih katastara:
a) Katastar ležišta i pojava mineralnih sirovina FBiH,
b) Katastar podzemnih pitkih voda FBiH,
c) Katastar mineralnih, termalnih i termomineralnih voda FBiH i
d) Katastar klizišta FBiH,
a) Katastar ležišta i pojava mineralnih sirovina FBiH,
b) Katastar podzemnih pitkih voda FBiH,
c) Katastar mineralnih, termalnih i termomineralnih voda FBiH i
d) Katastar klizišta FBiH,
3. Vodi stručne poslove vođenja baze podataka o istraživanju nafte i plina, vrši kontrolu provođenja ugovora o koncesiji u fazi istraživanja nafte i plina i učestvuje u određivanju blokova za istraživanje i eksploataciju nafte i plina za područje Federacije Bosne i Hercegovine.