Iz nadležnosti Federalnog zavoda za geologiju proizilazi da su glavni strateški ciljevi:
- Potpora Vladi Federacije BiH i ministarstvima,
- Naučna i primijenjena istraživanja.
- Podrška industriji i javnosti i
- Međunarodna saradnja
Realizacija ovih strateških ciljeva će se vršiti kroz:
-Izradu jedinstvene baze podataka o svim ležištima i pojavama mineralnih sirovina, vodama i klizištima na području Federacije BiH,
-Analizu stanja svih rezervi mineralnih sirovina u Federaciji BiH,
-Davanje prijedloga Vladi FBiH i Federalnim ministarstvima o potencijalnim prostorima za istraživanje mineralnih sirovina,
-Izradu geoloških karata Federacije BiH,
-Istraživanje mineralnih sirovina